1989年，在日本，很多讀者發現了一個現象：在書店裡找不到《叢林黑兵衛》的漫畫了，而且這部作品改編動畫的相關音像製品也沒有了，也就是說，這部作品被強制下架了。而不管是小學館還這部漫畫的作者藤子·F·不二雄對於這次作品下架事件，都沒有給出任何明確說明。藤子·F·不二雄的態度還可以讓人理解，因為他本就不是一個愛在公眾面前發表看法的人，而作為作品的出版方，小學館的這種態度就讓人有點摸不着頭腦了。
雖然說《叢林黑兵衛》在藤子·F·不二雄眾多作品中屬於人氣平平的，但是一部作品被無聲無息的下架，還是引起了大眾的猜測。
其實在同一時期，還有一部作品也在書店裡消失了，這部作品的名字叫作《小黑人桑博（ちびくろサンボ）》。而兩部作品都有一個共同點，那就是主角都是來自非洲的黑人。
《小黑人桑博》是英國作家海倫·班尼曼於1899年出版的一本兒童故事書，這部作品在20世紀初曾經非常受歡迎，但是從1950年代開始，有部分群體認為這部作品包含有對黑的人種族歧視，實際上這部作品的內容只不過是一個比較單純的兒童冒險故事，但是「種族歧視」的帽子在全世界可不是鬧着玩的，所以很多國家都紛紛將這部作品下架，比如加拿大和美國的高校分別於1956年和1972年將這部作品列在禁止閱讀的名單中。
1950年代初，日本的岩波書店將這部作品引進，而在其它國家都將這部作品封禁的時候，日本書店還在銷售。直到1988年末，日本一個名為「消除黑人歧視協會」的團體對這部作品提出抗議，迫於壓力，各大書店紛紛將這部作品下架。
由此看來，《叢林黑兵衛》似乎與《小黑人桑博》一樣，因為「種族歧視」而被迫下架。但是實際上，《叢林黑兵衛》在這次事件中，雖然不能說是「躺槍」，但是也絕對是受了牽連而傷害最大的一部作品。
小學館當時確實也收到了來自「消除黑人歧視協會」的抗議，但是這份抗議並不是針對《叢林黑兵衛》的，而是針對《小鬼Q太郎》。
在《小鬼Q太郎》中有一個故事，「國際妖怪聯合會」要召開大會，其中有一位來自非洲的代表，這位代表通體黑色，外表風格與非洲土著極為相似，而在故事的對話中，還說這位代表是吃妖鬼，相當於人類中的「食人族」。而「消除黑人歧視協會」就認為這一情節完全是在歧視黑人，對黑人有明顯的偏見。小學館在與兩位藤子不二雄老師商量之後，為了避免引起不必要的麻煩，決定將涉及到這些問題的故事刪除，並重新發售。
之後，有關「歧視黑人」風波在日本漫畫界愈演愈烈。包括手塚治虫的《森林大帝》、鳥山明的《阿拉蕾》、佐藤正的《燃燒吧！大哥》（該作品的改編動畫曾引進國內，被翻譯成《森林好小子》，估計很多80後都看過）、遠藤幸一的《ついでにとんちんかん》等眾多作品都收到了來自「消除黑人歧視協會」的抗議。
甚至連《哆啦A夢》也受到了牽連。
在《哆啦A夢》漫畫中，有一則名為《誇張外套》的短篇故事，在這個故事最初的版本中，大雄穿上了「誇張外套」，所以在大雄眼中，胖虎就變成了一個凶神惡煞的非洲土著。而在之後發行的版本中，將胖虎的這一形象改成了海盜。
但是通過資料顯示，並沒有明確證據能證明當時「消除黑人歧視協會」對《叢林黑兵衛》提出過抗議，那么小學館為什麼會將其下架呢？據分析，很有可能是因為其它作品只有幾頁或者幾個畫格涉及到「黑人」的內容，所以只要稍加修改即可，但是《叢林黑兵衛》的主角本身就是黑人，所以雖然沒有收到抗議，但是小學館為了避免日後引起更大的爭議，乾脆直接將其下架。
那麼這個「消除黑人歧視協會」到底是個什麼樣的組織呢？為什麼會有如此之大的能量？
1988年，大阪一位叫有田太的四年級小學生，在報紙上讀到了一篇報道。報道中說，三麗鷗公司所生產的玩具被指有種族歧視的嫌疑，所以三麗鷗公司立即停止相關產品的生產並招回。
有田太一家三口對這篇文章的內容非常贊同，認為有必要做點事情來消除種族歧視問題，所以這一家三口就成立了「消除黑人歧視協會」，由有田太的母親有田喜美子擔任會長，有田太擔任書記。
之後這一家三口就開始調查市場上有關黑人角色的商品，並不斷地向他們認為有歧視黑人嫌疑的出版物、出版商、玩具廠商、動畫公司等發出抗議。
在他們的抗議之下，《小黑人桑博》被下架。當時一個美國黑人團體邀請他們赴美，並得到了當時的美國總統候選人傑西·傑克遜的接見，使得他們一下子成了名人。
回到日本之後，他們便開始了消除種族歧視的「鬥爭」，並且戰績彪炳。一時間，為數眾多的文學、漫畫、動畫作品以及玩具，周邊等產品，要麼被迫下架，要麼做出修改之後重新上市。在他們的抗議之下，著名的TAKARA公司（你沒看錯，就是那個開發出變形金剛的玩具公司，也就是現今的TAKARA TOMY公司），因為LOGO上的一個形象被指有歧視黑人的嫌疑，不得不將LOGO做出修改。札幌市的「黑坊（くろんぼ）」公園也改名為「太陽公公（おひさま）」公園。
雖然有編輯、作家等相關人士提出抗議，認為他們的很多指控要麼是牽強附會、要麼就是子虛烏有。楠部三吉郎就曾說：「只要是認真看過這些作品的人，都會明白根本就不是那麼一回事。」但是這種抗議效果微乎其微，做為企業或者出版社來說，誰都不想被扣上「種族歧視」這麼一頂帽子。
可以毫不誇張地說，這一家三口，幾乎是以「一己之力」差點顛覆了日本文化界。到了1995年，這個組織人會員達到了225人。不過近年來，這個組織似乎銷聲匿跡了，很少出現其活動的報道。
2005年，《小黑人桑博》重新上市，而《叢林黑後衛》也隨着2009年《藤子·F·不二雄大全集》的發行重見天日。但是有關「種族歧視」這一爭議問題到現在還在世界各地不斷上演。
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