1987年12月23日，日本各個出版社都收到了一封來自藤子工作室的通知函，在信中，兩位藤子老師發表聲明宣布藤子不二雄組合解散。這標誌着這一對從小學就開始相識，並聯手三十年多年的組合拆夥。
由於當時《哆啦A夢》的人氣正如日中天，所以當這一消息經各大媒體正式對外宣布之後，整個日本漫畫界為之譁然。
對於此次解散，兩位藤子老師也都分別解釋過緣由。
藤本弘說：「我們剛開始合作的時候，創作想法也都差不多。但是每個人的個性畢竟是不同的，在討論的情節的時候，也很難達成一致。所以之後我們就各自創作各自的作品，也會在各自需要的時候，去幫對方忙。時間一長，也難免感到有所束縛。」
安孫子素雄說：「隨着時間的推移，創作也好，生活也好，我們之間分化也越來越大。藤本君是個生活簡單、工作嚴謹的人，他就是白天工作，然後回家，偶爾看看電影什麼的。我平日裡喜歡參加一些社交活動，喜歡跟朋友喝酒，打高爾夫，而這些藤本君都不太喜歡。這些年來，他（藤本弘）跟一開始的時候沒什麼兩樣，總是保持着童心。其實從Q太郎之後，我就開始畫一些風格比較過激的作品了，而他（藤本弘）還在創作哆啦A夢這樣的快樂漫畫，所以我覺得這樣會影響哆啦A夢在大家心裡的位置。另外，我的創作熱情也始終不及藤本君，我更多的想做一些漫畫之外的事情。」
從兩位老師的話中，不難看出，性格的不同，以及創作風格的不統一，應該是這對組合解散的主要原因。但是，二人在《小鬼Q太郎》之後，就已經很少共同創作了，雖然會為彼此的作品提供意見和創意，不過基本上還是各畫各的。如果是真的覺得風格有差異，那為何過了二十多年才想到解散呢？而且，一位漫畫家有着風格迥異的作品並不少見，手塚治虫的作品中就即有《鐵臂阿童木》這樣的少年漫畫，又有《恐怖故事集》這樣的驚悚題材，甚至還有宗教色彩濃厚的《佛陀》，風格形形色色、各種各樣。而藤本弘本人也有哆啦A夢和SF短篇這樣的風格相差很大的作品，更何況是二人組合了，所以創作風格不統一併非主要原因。
要分析二人組合解散背後的原因，就得先了解一個事實，那就是藤子不二雄這個組合的收入是如何分配的。
早在1951年，兩人憑藉四格漫畫《天使之玉》出道的時候，藤本弘就建立了一個共同的儲蓄賬戶來管理稿費，收入所得二人平分。對此，安孫子素雄就說：「我們無論誰畫了多少，收入都五五份，所以這麼多年來，我們從來沒有因此產生過糾紛。」
1980年代開始，《哆啦A夢》開始成為日本國民漫畫，相繼推出動畫和電影，其IP價值也水漲船高。因此在很多外人看來，安孫子素雄無疑是沾了藤本弘的光，所以就有人提出，因為收入分配而產生的心理不平衡，是兩位老師要分開的原因。
但是這裡也不能忽略一個事實：1974年，隨着單行本的暢銷，《哆啦A夢》的人氣才開始上漲，而從《小鬼Q太郎》完結之後到1974年近十年的這段時間裡，藤本弘可以說是處於一個低谷時期，所創作的作品都沒有獲得非常好的人氣，尤其是1973年動畫的失敗，甚至差點就把《哆啦A夢》這部作品給毀了，反觀安孫子素雄那時候的作品卻比較受歡迎。可以說那時候，「藤子不二雄」這個名字，可能更多的是要依靠安孫子素雄扛着在漫畫界前行，而他也在鼓勵、支持着藤本弘，直到他創作出哆啦A夢而大獲成功。所以說，在《創作《哆啦A夢》之前，藤本弘是沾了安孫子素雄的光，如果因為收入問題而有了不平衡的心理，那麼安孫子素雄早就把藤本弘給甩了。所以以兩位老師的友情和人品，也不會因為收入問題而鬧到解散的地步。
兩位老師對於平分收入抱着無所謂的態度，但是不代表兩位老師的家人也這麼看。
這裡就不得不提到一個人，那就是松野喜多枝。
松野喜多枝是安孫子素雄的姐姐，兩個人在離開了「零·工作室」之後，成立了藤子工作室，而松野喜多枝是在《哆啦A夢》連載期間成為了藤子工作室的社長，負責工作室管理以及對外聯繫等事務。
一位小學館的編輯回憶說：「在松野喜多枝來到藤子工作室之前，在工作上的事，我們編輯都可以直接跟兩位藤子老師商量。但是自從松野喜多枝接手工作室的經營之後，想要找兩位老師，就必須要先通過松野喜多枝，她非常強勢，出版社和工作室的人，都不敢違抗她。我不知道她這麼做的目的是什麼，也許是想把工作室的重心轉移到自己的弟弟安孫子老師身上。但是她的這種做法，打破了工作室原有的平衡。有一次我去了藤子工作室，明顯感覺到氣氛和之前不一樣了。藤本弘老師是個沉默寡言的人，而且為人寬厚，但是他的家人對此肯定會有很大意見。」
而曾擔任過藤本弘助手的海佬原武司也說：「之前兩位老師都是在一個辦公室工作，可是後來，安孫子老師就搬到了一個獨立的辦公室，而藤本老師還是和我們這些助手一起，在一個大辦公室里。我們基本上很少見到安孫子老師，只有雜誌社或者電視台來採訪的時候，他才會出現。」
所以松野喜多枝的這些做法在外人看來，就是因為松野喜多枝覺得《哆啦A夢》大受歡迎，長此以往，藤本弘將會在「藤子不二雄」占據主導地位，所以她不得不利用自己做為藤子工作室社長的權威，來打壓藤本弘。
藤本弘於1987年7月因胃部手術而住進了醫院，情況比較嚴重，當時包括《哆啦A夢》在內的作品都暫停了連載，多年之後流傳的假結局的源頭也正是來自於此。
據兩位藤子老師的好友長谷邦夫回憶，當時住院的藤本弘曾一度感到自己大限將至，而之前發生的一系列事情，讓他覺得如果兩人其中之一身故，那麼兩家人很有可能因為利益分配問題而鬧的不可開交。如果只是兩個人的事情，憑藉着多年深厚的情誼，一切都不是問題，但是現在，兩個人已經有了各自的家庭，面對殘酷的現實，也不得不做出決定。
據安孫子素雄的外甥女松野泉回憶，有一天，藤本弘來到了安孫子素雄的家裡對安孫素子雄說：「我們不知道還能再畫多長時間，不如我們就此分開，放開手腳，去畫自己想畫的作品吧。」
「藤子不二雄」這個組合的解散，看似殘酷，但實際上卻是兩個人深厚情誼的體現。
兩位老師從小學時代就相識，之後一同前往東京打拼，在最困難的時候沒有放棄而是互相鼓勵、互相扶持。這種深厚情誼也體現在兩個人的創作上，不難發現，兩個人的很多作品中，都有着雙主角的設定：《小鬼Q太郎》中的Q太郎和阿正、《怪物君》中的怪物君和阿宏、《哆啦A夢》中的哆啦A夢和大雄……正如他們二人在一次訪談中所說：「我們是多年的至交，這些都自然而然的反應在了我們的作品裡，希望我們以後也能兩個人一直在一起，用漫畫把這種友誼，快樂的描繪下去……」
但是，當這種合作開始面對來自外界因素影響的時候，尤其是這種影響還是來自彼此的家人，也許分開就是最好的選擇。這種分開，與利益無關，與感情無關，而是充分的站在了對方的立場而做出的決定，因此這種「分開」雖然充滿了惋惜，但是卻體現了他們之間友誼的偉大……
所以雖然組合解散，但是並不意味着兩位老師的友誼不存在了，藤本弘喜歡旅遊，每到一個地方都會給安孫子素雄帶一些當地的紀念品，而安孫子素雄也很喜歡，並且將這些紀念品擺放在自己的家和工作室里。另外，兩個人也都喜歡電影，所以也會經常一起出席電影的首映活動。所以，在解散之後，兩個人還在一起用「藤子不二雄」這個筆名，只是各自加以區別，安孫子素雄叫做藤子不二雄Ⓐ，藤本弘則叫藤子不二雄Ⓕ。這裡的Ⓐ和Ⓕ各自取自兩人姓氏的羅馬字拼寫的首字母。這也是向世人宣告，雖然我們不再合作了，但是我們依然還是「藤子不二雄」。
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