在單行本第28卷有個名為《忍者修行組合》的故事，故事中，多啦A夢給了大雄一本《忍者服部君》（藤子不二雄Ⓐ著）的漫畫，大雄看了漫畫之後，對忍者產生了興趣，多啦A夢就給了他一套「忍者修行組合」的道具，大雄滿懷信心的開始練習，卻發現忍者的訓練非常艱苦。
可以說，「忍者」已經成為日本最具有代表性的文化符號之一，各種與「忍者」題材有關的漫畫、動畫、遊戲、影視劇數不勝數。也正是因為這些藝術作品，普通人對於忍者的印象大多都是「神秘、低調、神通廣大」。
其實忍者遠沒有藝術作品中所描述的那麼神秘，所謂的忍者，其主要任務就是完成一些諸如盜取情報、暗殺、破壞等見不得光的工作，其工作性質本質上與詹姆斯·邦德（電影《007》系列）、伊森·亨特（電影《碟中碟》系列）、傑森·伯恩（電影《碟影重重》系列）這些間諜或者特工沒什麼不同，也沒有任何超能力或者法術，像《火影忍者》中的鳴人等人，與其說是忍者，還不如說是超級英雄更貼切。
忍者在日本的歷史，最早可以追溯到飛鳥時代（公元592年-公元710年），在部分文獻中便有類似間諜工作的記載。
「忍者」一詞來源於漢語詞彙「隱忍」，就是形容從事忍者工作的人都是見不得光的。這一名稱其實也是在近代的文學作品中才被確定下來的。忍者一般都會使用「忍術」，在現代作品的演義下，這些忍術往往神通廣大，忍者藉助忍術，可以隱身、變成各種動物或者人、甚至還能飛行，但現實中，忍術只不過是忍者完成任務所要具備的技能，比如攀岩、稍聲無息的快速移動、怎樣藉助地形以及建築來隱藏自己等等。而忍者也都是使用像飛鏢等便於攜帶和用於暗殺的武器為主。
而要完成忍者的工作，就需要從身體到精神上進行嚴酷的訓練：包括日常體力、忍耐力、格鬥技巧、生存技巧，為了能夠完美的完成任務，甚至還要博覽群書，學習天文、氣象、地理等各種知識，在這種可以用「非人」來形容的訓練下，忍者的成材率極低，而能夠通過訓練成為忍者的人，可以說都是身心能夠達到人類極限、精通十八般武藝的精英。在漫畫中，大雄所做的那些訓練，只不過是真實忍者所經受的冰山一角而已。
從等級上來看，忍者一般分為上忍、中忍、和下忍。
上忍都是一個忍者組織的領導者，他們從僱主或者領主那裏接到任務，並制定相應的計劃。
而中忍一般就是執行實際任務的負責人。
下忍就是活躍在一線的任務執行人了，也就是干髒活和累活的。而同樣是間諜特工，相對於有美女陪伴、開着豪車座駕的詹姆斯·邦德等人來說，這些下忍就顯得比較悲催了：為了盜取情報，潛伏在一個地方不吃不喝是常有的事。那時也沒有《日內瓦公約》，如果被抓了，受盡酷刑折磨之後，也就只有死路一條。所以忍者如果任務失敗，為了避免被抓，基本都會選擇自盡。
由於日本戰國時代各大名之間的紛爭不斷，所以這個時期也是忍者最盛行的時代，很多大名都會培養自己的心腹忍者，而這一時期也是忍者傳奇故事流傳最多的時期，比如著名的德川家康和他親信服部半藏正成。戰國時期著名的俠盜——石川五右衛門相傳也是織田信長麾下的忍者出身。非常有名的漫畫《落第忍者亂太郎》以及其改編動畫《忍者亂太郎》的故事背景就是在日本戰國時期。
進入江戶時期，隨着日本的統一，忍者的活動雖然減少，但是也並不意味着消失，因為德川幕府為了方便控制其它諸侯，也會在日本各地安插忍者搜集情報。
忍者之所以讓普通老百姓覺得如此神秘，其根本原因也是「忍者」這一「職業」本身。忍者多是從事見不得光的工作，所以對於派遣忍者的大名來說，自然是不會承認的。在統治階級眼裏，忍者和一次性消耗品無異：任務失敗，只有死路一條，任務成功，也有可能為了避免泄漏機密而被滅口。這些在影視、動畫裏看起來風光無限的忍者，說到底也就是統治者實現自己目的的工具而已。所以史書也好，文獻也好，對於忍者的記載也就非常之少了。在江戶時期之後，各種民間故事或者文學，又對忍者或者忍術進行誇大，也讓大眾對於忍者神秘感和誤解加深。比如在很多文藝作品中，忍者都是穿着純黑色衣服，實際上，忍者大多數都是穿着深藍色或者深紫色的衣服。而在江戶時期，還有很多民間藝人利用戲法來表演所謂的「忍術」，這也是大眾會認為忍術神通廣大的原因之一。
到了近代，隨着遊戲、動漫等各種作品的演繹，忍者也就成了日本在全球範圍內一個文化符號了。現如今，在甲賀、伊賀等日本古時忍者活躍的地方，還有忍者表演或者體驗。
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